Η «Παναγία» είναι κτίσμα του 14ου αιώνα και από τα μαρμάρινα αρχιτεκτονικά μέλη που βρίσκονται εντοιχισμένα σε αυτόν, φαίνεται να αντικατέστησε προγενέστερο ναό που με την σειρά του είχε χτιστεί πάνω σε αρχαίο ναό. Υψώνεται σε κεντρικό σημείο του Στεφανίου και υπήρξε ο ενοριακός ναός του χωριού μέχρι την έναρξη λειτουργίας του Αγίου (Ισαπόστολου) Στεφανά το 1973. Στον ευρύχωρο προαύλιο χώρο της εκκλησίας οδηγεί από το δρόμο μνημειώδης λιθόκτιστη κλίμακα που πλαισιώνεται από δύο στήλες μία των οποίων είναι κίονας φερμένος από το ναό «το εκκλήσι της Σταμάτας» που αποδίδεται κατά την τοπική παράδοση σε αρχαίο ναό του Απόλλωνα.
Το αρχικό κτίσμα της εκκλησίας κατατάσσεται στην γ-παραλλαγή των μονόκλιτων σταυροειδών ναών με τρούλο, όπως ο κατεδαφισμένος σήμερα καθολικός ναός της μονής Αγίου Δημητρίου. Η επέκταση του ναού προς δυτικά πραγματοποιήθηκε τον 18ο -19ο αιώνα, προκειμένου να αυξήσει τη χωρητικότητα της εκκλησίας.
Μοναδικό γνώρισμα του ναού είναι το επτάπλευρο τύμπανο του τρούλου, που φέρει ένα μόνο παράθυρο στη Ν. πλευρά. Ο φωτισμός στο αρχικό κτίσμα πρέπει να ήταν εξαιρετικά χαμηλός. Τα παράθυρα της Ν. πλευράς και του ιερού είναι μεταγενέστερα και συνιστούν πιθανόν διευρύνσεις παλαιότερων στενών ανοιγμάτων.
